On estime qu'après 15 ans d'évolution, un patient sur trois sera concerné par des lésions anopérinéales, localisation de moins bon pronostic car témoignant d'une maladie plus sévère. On distingue les lésions primaires, ulcères plus ou moins creusant du canal anal pas toujours contemporains des poussées aiguës, des suppurations, fistules et sténoses considérées comme des lésions secondaires.