Grippe zoonotique : conduite à tenir actualisée face au risque de transmission humaine

Début février, si la France se félicitait d’avoir regagné son statut de pays indemne d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), les autorités sanitaires appelaient à renforcer la vigilance quant au risque de transmission humaine, en raison des migrations d’oiseaux et du variant américain. Dans un DGS-Urgent du 24 février 2025, le ministère de la Santé actualise les recommandations de Santé publique France délivrés en début de mois. Les évolutions principales concernent : la définition des expositions à risque pour le classement en cas possible ; la nécessité pour le clinicien d’indiquer de façon explicite sur l’ordonnance la suspicion de grippe zoonotique et de remplir la fiche de renseignements pour le laboratoire de biologie médicale (LBM) ; et une précision au sujet du critère virologique pour le classement en cas probable.

« La large circulation mondiale depuis quelques années du virus IAHP HN chez les oiseaux sauvages et captifs, puis chez de nombreuses espèces de mammifères carnivores et marins et chez des bovins fait craindre une possible adaptation du virus à l’homme », indiquait le DGS-Urgent du 6 février. Les messages clés sont inchangés, le principal étant d’« interroger tout patient avec syndrome grippal sur la notion d’exposition à des animaux, notamment les volailles et les porcs, mais (aussi) d’autres mammifères ». En cas de suspicion de grippe zoonotique, le patient doit se voir prescrire « sans délai » dans un LBM de proximité une recherche de grippe par RT-PCR sur un prélèvement nasopharyngé, et en cas de symptômes oculaires un prélèvement conjonctival en plus. La RT-PCR doit « obligatoirement cibler le type (A et B) et le sous-type grippal saisonnier (H1 et H3) », est-il précisé. Si le sous-typage n’est pas possible dans un laboratoire de proximité, le prélèvement doit être envoyé au centre national de référence des virus des infections respiratoires (CNR VIR) « pour caractérisation virologique et séquençage ».

Indiquer de manière explicite la suspicion sur l’ordonnance de prélèvement

La récente mise à jour fait évoluer la définition des expositions à risque pour le classement en cas possible : contact direct avec un être vivant (animal ou humain) confirmé d’infection par un virus aviaire ou porcin ; contact direct avec un animal suspecté d’infection (élevages d’oiseaux avec mortalité soudaine, élevages de porcs avec syndrome grippal, oiseau ou mammifère sauvage manipulé malade ou trouvé mort) ; contact avec un environnement ou du matériel contaminé (fréquentation au moins 15 minutes d’un lieu confiné avec animaux infectés, manipulation d’outils ou de litière, matériel biologique contaminé en laboratoire).

Il est de plus reprécisé que le clinicien prenant en charge un cas possible (symptômes compatibles + exposition à risque, voir supra) doit indiquer de manière explicite, sur l’ordonnance de prélèvement, la suspicion de grippe zoonotique et remplir la fiche de renseignements (téléchargeable) à destination du LBM. « Sans précision de cette suspicion de grippe zoonotique, le sous-typage ne doit pas et ne pourra pas être réalisé », est-il spécifié.

Valeur charnière de Ct à 32

Enfin, l’algorithme virologique a été précisé pour le classement en cas probable (pour rappel le Ct correspond au cycle d'amplification de la PCR à partir duquel la quantité de virus présent dans l'échantillon est détectée, la valeur est inversement proportionnelle à la quantité de virus, plus le Ct est bas, plus le virus est en grande quantité) :

- grippe A négatif : cas exclu ;

- grippe A positif avec un sous-typage H1 ou H3 positif (témoins d’une grippe saisonnière) : exclusion du cas (sauf dans le contexte d’une exposition à risque avec des porcs) ;

- grippe A positif avec un Ct < 32 (charge virale élevée) pour la RT-PCR + résultat négatif pour les sous-types H1 et H3 : cas probable ;

- grippe A positif avec un Ct ≥ 32 et H1 et H3 négatifs (possibilité de faux négatifs du fait de la charge virale faible) : réaliser un nouveau prélèvement à envoyer directement pour sous-typage au CNR uniquement si la suspicion clinique est forte (sinon cas exclu).

Il est indiqué que pour tout prélèvement envoyé au CNR pour typage et/ou sous-typage, le LBM doit joindre la fiche de renseignements complétée. Les tests rapides d’orientation diagnostique (Trod) ne sont pas recommandés pour une suspicion de grippe zoonotique.