Détecté en décembre au Royaume-Uni sur des prélèvements collectés le 20 septembre dans le Kent et le 21 septembre à Londres, le variant B.1.1.7 ou 501Y01, dit « britannique », pourrait s’être propagé en dehors du pays bien avant son identification.
Dans une lettre de recherche publiée dans « Emerging Infectious Diseases », des chercheurs ont tenté d’évaluer le niveau de propagation du variant avant les mesures de restriction pour les voyageurs en provenance du Royaume-Uni, qui ont été mises en œuvre par une quarantaine de pays à partir de la mi-décembre.
À partir des données de 15 pays* (données de mobilité issues du réseau social Facebook, notamment), les chercheurs ont ainsi estimé la probabilité qu’un voyageur en provenance du Royaume-Uni ait introduit le variant ailleurs entre le 22 septembre et le 7 décembre 2020.
Une large diffusion dès novembre
Selon leurs projections, en septembre, le risque d’importation le plus important a été identifié en Irlande. Au 22 octobre, le risque que 10 des 15 pays étudiés aient accueilli au moins un cas importé était de 50 %. Mais, dès novembre, le risque concernait tous les pays étudiés.
« Au moment où nous avons appris l’existence du variant britannique en décembre, il se propageait déjà silencieusement à travers le monde, commente Lauren Ancel Meyers, directrice du Covid-19 Modeling Consortium de l’Université du Texas. Nous estimons que le variant B.1.1.7 est probablement arrivé aux États-Unis en octobre 2020, deux mois avant de connaître son existence. »
À partir des données d’hospitalisation, ils ont ensuite estimé les prévalences locales dans 11 des 15 pays étudiés, avec l’hypothèse d’une transmission accrue de 50 % par rapport à la souche en circulation à ce moment. C’est en Irlande que le variant se serait d’abord diffusé le plus rapidement avant de ralentir sa propagation à la mi-novembre.
Un nouvel outil pour planifier le séquençage
« Cette étude met en évidence l’importance de la surveillance en laboratoire, poursuit Lauren Ancel Meyers. Le séquençage rapide et extensif des échantillons de virus est essentiel pour la détection précoce et le suivi des nouveaux variants préoccupants. »
Le consortium qu’elle dirige a élaboré un outil de planification du séquençage génétique à destination des décideurs. Ce « calculateur » permet de déterminer le nombre d’échantillons à séquencer pour assurer une bonne surveillance des variants émergents. « Par exemple, pour observer un variant à une prévalence de 1/400 avec une confiance de 95 %, il doit y avoir 1 197 échantillons séquencés au total », expliquent les créateurs.
« Nous avons créé cet outil pour aider les responsables de santé à construire des systèmes d’alerte précoce crédibles pour cette pandémie et les futures », indique Lauren Ancel Meyers.
* Irlande, France, Grèce, Espagne, Allemagne, Pays-Bas, Belgique, Italie, Roumanie, Pologne, Turquie, Chypre, Portugal, Inde et Etats-Unis.
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