« Nous avons démontré qu’il est possible de prédire de façon précise la séquence génomique complète d’un fœtus sans recourir à une procédure invasive. La principale portée de cette approche, si elle est introduite en clinique, est qu’elle pourrait élargir la disponibilité du dépistage génétique à davantage de patients, tout en dépistant un bien plus grand nombre de maladies qui peuvent actuellement être détectées », explique au « Quotidien » le Dr Jacob Kitzman (University of Washington, Seattle) qui a co-dirigé l’étude publiée dans « Science Translational Medicine ».
« Si elle est introduite en clinique, on pourrait dépister chacune des 3 000 (ou plus) maladies mendéliennes (monogéniques) pour lesquelles on connaît la cause génétique sous-jacente. Ce dépistage pourrait s’étendre à des troubles récessifs (à les deux parents sont porteurs et doivent chacun transmettre une copie mutée d’un gène à l’enfant) ainsi qu’à des troubles dominants (ou des mutations nouvelles -de novo- peuvent survenir dans le génome de l’enfant). Aujourd’hui, seule une petite fraction de ces troubles peut être dépistée. »
Encore un certain temps avant la clinique.
« Cela pourrait prendre un certain temps avant que cette technologie puisse être introduite en clinique. Nous espérons que la poursuite de ce travail, par notre groupe et d’autres, apportera des améliorations techniques qui rendront la méthode plus facile à utiliser, plus précise et moins coûteuse. À ce moment-là, les cliniciens seront confrontés au défi d’interpréter ces résultats et de communiquer aux parents les résultats avec les incertitudes qui viennent avec. »
On sait depuis 1997 (Lo et coll.) que durant de la grossesse, environ 13 % de l’ADN acellulaire flottant dans le plasma maternel est d’origine fœtale. L’ADN fœtal apparaît dans le sang maternel quelques semaines après la conception, s’élève durant la grossesse et disparaît rapidement après l’accouchement.
Depuis, plusieurs équipes ont cherché à développer des tests sanguins maternels pour dépister des anomalies génétiques majeures chez le fœtus, comme la recherche de trisomies ou de mutations spécifiques héritées du père, évitant ainsi le recours à des procédures invasives de diagnostic prénatal qui sont associées à un petit risque de perte de grossesse.
Kitzman et coll. ont prédit pour la première fois de façon non invasive toute la séquence génomique d’un fœtus à 18,5 semaines de grossesse, ceci en combinant le séquençage du génome des deux parents, l’haplotypage pangénomique maternel et le séquençage profond de l’ADN plasmatique maternel.
L’héritage a été prédit à 2,8 millions de sites hétérozygotes parentaux avec une exactitude de 98,1 %. De plus, 39 des 44 mutations ponctuelles de novo dans le génome du fœtus ont été détectées, bien qu’avec une spécificité limitée.
L’interprétation, un énorme défi.
Les chercheurs ont répliqué ces résultats avec la même approche chez un second couple attendant un bébé, en prélevant cette fois-ci le sang maternel plus tôt - à 8,2 semaines de grossesse.
« La capacité de la génomique à générer des données dépasse notre aptitude à les interpréter de manière utile pour les médecins et les patients. Bien que la prédiction non invasive d’un génome fœtal soit maintenant techniquement possible, son interprétation - même pour des troubles génétiques monogéniques mendéliens - demeurera un énorme défi », prévient le Dr Jay Shendure (University of Washington, Seattle).
« Bien que des défis techniques et analytiques demeurent, nous pensons que l’analyse non invasive des variations héritées et des mutations de novo dans les génomes des fœtus faciliteront le diagnostic prénatal des troubles récessifs et dominants mendéliens », concluent les chercheurs.
Kitzman et coll. Science Translational Medicine, 6 juin 2012.
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