De nombreuses recherches portent sur la compréhension du lien entre la dysbiose et l’inflammation chronique, toutes deux présentes dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI). « Nous avons maintenant des données expérimentales et humaines qui montrent que ces deux éléments sont liés. L’inflammation chronique intestinale permet la mise en place des conditions d’une dysbiose particulière et une dysbiose permet d’entretenir les conditions d’une inflammation chronique.