À partir des données de plus 800 publications scientifiques, une équipe Institut Curie/INSERM a réalisé une cartographie interactive représentant les phénomènes en jeu au niveau du système immunitaire inné dans le cancer. Accessible à tous, cette « Google maps » du système immunitaire permet de prédire la réponse d'un patient donné à un traitement. Ces travaux de bio-informatique, publiés dans « Nature Communications », ont été mis en œuvre avec la collaboration des médecins immunologues du centre d'immunothérapie des cancers de l'institut Curie.
Plusieurs types de cartographies réalisées
« Dans le contexte tumoral, le système immunitaire inné a deux visages : il peut à la fois attaquer la tumeur et la protéger », explique au « Quotidien » Maria Kondratova, chercheuse à l'Institut Curie et première auteure de l'étude. Pour comprendre ces mécanismes, la chercheuse et son équipe ont étudié toute la littérature scientifique portant sur les interactions qui se déroulent au sein du microenvironnement tumoral. « Pas à pas, cela nous a permis de construire un réseau des interactions qui vont conduire à une activité pro ou au contraire anti-tumorale », explique-t-elle.
En plus d'une carte générale avec l'ensemble des interactions, des cartes spécifiques à chaque type cellulaire du système immunitaire inné (macrophages, cellules Natural Killer, cellules dendritiques…) ont également été élaborées.
Identifier les patients répondeurs
« La carte générale peut être utilisée de manière très simple par les médecins, indique Maria Kondratova. En intégrant les données d'un patient, on peut visualiser la manière dont le système immunitaire va s'activer. » Cette carte peut par ailleurs contribuer à identifier les patients bons répondeurs à un traitement, et en particulier aux immunothérapies.
Dans l'étude, les cartographies ont été utilisées dans le mélanome métastatique pour mettre en évidence des sous-populations de cellules macrophages et NK protumorales et antitumorales.
« Nous devons tendre de plus en plus vers ce type d'outil pour tirer profit des big datas », estime Maria Kondratova, précisant que le même type de cartographie est en cours de réalisation pour le système immunitaire adaptatif.
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