La France est décidée à entrer dans une nouvelle dimension dans le domaine de la médecine génomique, en particulier pour le cancer et les maladies rares. C’est avec cet objectif que le ministère de la santé, sous l'égide de Matignon, a choisi, à partir de l’avis d’un jury international, deux importants projets de plateformes de séquençage génomique : le premier en Ile-de-France, le second en Auvergne-Rhône-Alpes. « Les deux projets ont été retenus dans le cadre d’un appel d’offres prévu dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025. Une des mesures de ce plan prévoit le déploiement d’un réseau de 12 plateformes de génomique sur l’ensemble du territoire. Néanmoins, dans un premier temps, les pouvoirs publics ont décidé de lancer un appel d’offres pour retenir deux projets pilotes », précise le Pr Damien Sanlaville, chef du service de génétique du CHU de Lyon.
Projet SeqOIA en Île-de-France
Dans le cadre de cet appel d’offres, le jury a d’abord retenu, pour l’Île-de-France, le projet SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis). Ce projet va réunir au sein d’un groupement de coopération sanitaire (GCS) trois établissements de santé : l'APHP, l’Institut Curie et Gustave Roussy, avec le soutien de sept universités d’Île-de-France hébergeant des facultés de médecine et l’institut hospitalo-universitaire (IHU) Imagine.
Dans un communiqué, les trois établissements précisent que l’objectif est de séquencer 18 000 équivalents génomes par an en 2022 pour répondre aux besoins nationaux. « S’appuyant sur des infrastructures existantes et une expertise acquise dans l’utilisation du séquençage génomique à haut débit dans les activités de diagnostic, SeqOIA représente une masse critique qualitative et quantitative de premier plan en France capable de contribuer de façon décisive à l’avancée des objectifs du Plan France Médecine Génomique 2025 », indiquent l’APHP, Gustave Roussy et l’Institut Curie.
Plateforme AURAGEN en région Auvergne-Rhône-Alpes
Le deuxième projet retenu est AURAGEN pour la région Auvergne-Rhône-Alpes. La mise en place de cette plate-forme génomique est portée par un consortium, composé de 4 CHU (Clermont-Ferrand, Grenoble Alpes, Hospices Civils de Lyon et Saint-Étienne), deux centres de lutte contre le cancer (Jean Perrin à Clermont-Ferrand et Léon Bérard à Lyon) ainsi que l’Institut de cancérologie de la Loire Lucien-Neuwirth. « Les analyses seront prescrites par les médecins des établissements de santé, traitées sur le site de l’hôpital Édouard Herriot en lien avec Eurofins-Biomnis. Les résultats pourront être donnés dans un délai qui va de 4 mois à une quinzaine de jours en cas d’urgence. Les données issues de ces analyses seront par ailleurs traitées, conservées et analysées grâce à la puissance des calculateurs et aux plateformes de bio-informatique à Lyon et Grenoble, en attendant la mise ne place du collecteur analyseur de données prévu dans le plan France médecine Génomique 2025 », précisent les promoteurs du projet.
Pour le Pr Sanlaville, ces deux projets vont permettre de donner un nouvel élan au développement de la médecine personnalisée. « C’est très important dans le domaine du cancer où l’analyse des altérations génétiques de la tumeur permet de choisir le traitement ciblé le plus adapté ou, au contraire, d’éviter de traiter des patients chez lesquels la thérapeutique n’aura que peu d’efficacité », explique-t-il, en ajoutant que ces deux projets vont permettre d’entrer dans une nouvelle dimension. « Aujourd'hui, on fait certes déjà du séquençage mais à une échelle relativement réduite. Pour prendre une image, on est aujourd’hui dans l’ère de la supérette et, avec ces projets, nous passons à l’hypermarché. Concrètement, au CHU de Lyon, nous séquençons aujourd’hui seulement 30 gènes impliqués dans les tumeurs. Avec cette plate-forme, nous pourrons séquencer l’ensemble du génome », précise le Pr Sanlaville, en ajoutant que, pour la plate-forme AURAGEN, l’objectif cible est de traiter 18 000 génomes par an en 2019. « C’est ce que permettent de faire les machines les plus performantes dans le monde aujourd’hui », indique le Pr Sanlaville.
D’après un entretien avec le Pr Damien Sanlaville, chef du service de génétique du CHU de Lyon.
CCAM technique : des trous dans la raquette des revalorisations
Dr Patrick Gasser (Avenir Spé) : « Mon but n’est pas de m’opposer à mes collègues médecins généralistes »
Congrès de la SNFMI 2024 : la médecine interne à la loupe
La nouvelle convention médicale publiée au Journal officiel, le G à 30 euros le 22 décembre 2024