Grâce à une technique de métagénomique basée sur le séquençage de nouvelle génération, une équipe française a identifié un nouveau virus, appelé Cristoli. Il a été isolé chez une femme atteinte d'une encéphalite mortelle.
Cette découverte, fruit d'une collaboration entre l’équipe du laboratoire de virologie de l’hôpital Henri-Mondor (AP-HP) et de l’Université Paris-Est-Créteil et l’équipe de recherche « Virus, Hépatologie, Cancer » de l’Institut Mondor de Recherche Biomédicale, est décrite dans le journal « Emerging Infectious Diseases » (1).
Cause inexpliquée
« Au-delà de la découverte de ce nouveau virus qui ne semble pas représenter une menace épidémique, notre étude montre la puissance des méthodes génomiques qui vont sûrement nous permettre dans les années à venir de découvrir beaucoup de micro-organismes pathogènes ou non, avec un intérêt en clinique mais aussi pour la compréhension du vivant », indique au « Quotidien » le Pr Jean-Michel Pawlotsky, directeur du laboratoire de virologie de l’hôpital Henri-Mondor.
La femme de 58 ans, sévèrement immunodéprimée et présentant des pathologies associées, a été hospitalisée en septembre 2018 pour une fièvre isolée résistante à l'amoxicilline et à l'acide clavulanique. Elle a ensuite développé une encéphalite progressive qui s'est aggravée, et en est décédée en mars 2019. « Toutes les explorations à la recherche d'une cause de cette encéphalite n'ont rien donné, alors que cette encéphalite ressemblait à une encéphalite infectieuse », rapporte le Pr Pawlotsky. Une biopsie de cerveau a alors été réalisée et analysée par une méthode qui repose sur la métagénomique mise au point par le Dr Christophe Rodriguez, responsable de la plateforme de séquençage à haut débit de Mondor.
« Tous les acides nucléiques sont d'abord extraits à partir d'un échantillon biologique prélevé chez un patient avant d'être découpés en petits fragments afin de pouvoir passer dans le séquenceur », explique le Pr Pawlotsky. Des millions de séquences sont ainsi générées.
Analyse de big data
« Pour analyser ce big data sur le plan bio-informatique, le Dr Rodriguez a développé un logiciel qui permet de reconstruire les génomes à partir des morceaux d'ADN et ARN afin de les comparer à des séquences connues référencées dans des bases de données publiques, qu'elles soient humaines, animales, végétales ou microbiennes », poursuit le Pr Pawlotsky.
Appliquée à la biopsie cérébrale de la patiente, cette méthode a mis en évidence, en plus des séquences d'origine humaine, le génome correspondant à un virus jamais identifié jusque-là, appartenant à la famille des Bunyaviridae. Ce nouveau virus a été nommé virus Cristoli d'après la ville de Créteil où il a été décrit, lit-on dans l'étude.
L'analyse a également montré que l'un des gènes du virus Cristoli était fortement exprimé : « ce gène a été rapporté comme étant un facteur de virulence chez les Bunyaviridae, ce qui pourrait expliquer la sévérité de l'encéphalite, mais ce n'est qu'une hypothèse », précise le Pr Pawlotsky.
La patiente n'ayant pas voyagé hors de France au cours de l'année ayant précédé son hospitalisation, une infection en France est probable. « À notre connaissance, aucun autre cas d'infection à ce virus n'a été rapporté, ce qui est très rassurant », souligne le Pr Pawlotsky.
(1) C. Rodriguez C. et al., Emerg Infect Dis, DOI: 10.3201/eid2606.191431, 2020.
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